"12 évvel ezelőtt, feltűnt egy kilenc farkú róka démon, farkainak csapása mentén megsemmisültek a hegyek, és a tengerek vize szökőárként öntötte el a partokat. A ninják törzse szembeszállt vele, hogy megvédelmezzék otthonukat. Csakis egy shinobi lehetett méltó ellenfele a kilenc farkú rókadémonnak. Élete feláldozásával csapdába ejtette a szörnyet, és egy emberi testbe zárta. Ez a ninja volt a Negyedik Hokage." 

A történet a Negyedik Hokage rosszcsont fiával kezdődik, aki rossz tanuló a ninja akadémián, és mindig valami csínytevést követ el. Naruto egy magányos árva, akit kiközösítenek a faluban, mert félnek a belé elzárt rókadémontól.  Ennek ellenére ő akar lenni a Hokage, a falu vezetője. A történet alapvetően az ő fejlődéséről, jellemfejlődésérő szól, a kapcsolatai alakulásáról, miközben mindig újabb kalandokba keveredik, újabb embereket állít maga mellé példaértékű hozzáállásával. 

Narutoék elindulnak a chuuninvizsgán, ahol megismerhetik más rejtett shinobi falvak ninjáit. Közben a háttérben gonosz erők munkálkodnak, ami összeesküvést szül a falvak között. 

 

Shippuuden 

Naruto 3 év után visszatér konohába, ahol újra láthatja barátait. Újult erővel indul neki új céljának. Visszaszerezni legjobb barátját, aki egyben legnagyobb riválisa is. A küldetései során új ninjákkal, új erőkkel, és új bijuukkal ismerkedhetünk meg. Közben ismét a gonosz munkálkodik a háttérben. Az Akatsuki bijuu gyűjtésbe fog, mialatt Orochimaru is titokban szövögeti a szálait.